Ms access moving average query

Pesquisa de banco de dados Mascot gt Help gt Relatórios de resumo para relatórios de síntese de MSMS para MSMS Ao concluir uma pesquisa, é exibido um relatório de resumo que fornece uma visão geral dos resultados. Há uma escolha de formatos de relatório e todos os relatórios contêm links para visualizações mais detalhadas dos dados experimentais e calculados. Para pesquisas com menos de 300 espectros de MSMS, o relatório de resumo padrão é o Resumo do péptido. Isso fornece uma imagem clara das combinações de péptidos, agrupadas em sucessos protéicos usando um algoritmo de parcimônia simples. Se houver 300 ou mais espectros, o relatório de resumo padrão é o Resumo da Família de Proteínas. Isso agrupa as proteínas em famílias com base em um novo algoritmo de agrupamento hierárquico e apresenta esses resultados uma página por vez, inicialmente com 10 famílias por página. Este relatório é ideal para pesquisas de MSMS muito grandes e complexas, onde não é prático exibir todos os resultados em uma única página HTML. Para obter informações adicionais sobre o Resumo da Família de Proteínas, consulte Koskinen, V. R. Clustering Hierárquico de Shotgun Proteomics Data 2017 MCP 10 M110.003822 Você pode usar os controles de formato para alternar para um Resumo Seleto. Que é semelhante a um resumo de péptidos, mas fornece uma visão mais compacta dos resultados. O Select Summary divide as combinações de péptidos atribuídas às batidas de proteínas em um relatório separado das partidas de péptidos não atribuídas. Para pesquisas de menos de 1000 espectros de MSMS, você também pode escolher um Resumo de Proteína, mas não é recomendável fazê-lo, a menos que você esteja visualizando os resultados de uma pesquisa combinada. Se a amostra for uma mistura, usar um dos relatórios de Revisão de Proteína para ver os resultados pode dar uma imagem muito enganosa. Se você estiver enviando buscas MSMS para um servidor doméstico Mascot e exibir os resultados como um Resumo de Peptídeos, você também terá a opção de criar um Relatório de Arquivo. Esta é simplesmente uma versão editada do relatório Resumo do péptido, que inclui apenas as batidas de proteínas que você selecionou. Se não houver nenhuma correspondência de sequência peptídica de uma pesquisa de dados MSMS, apenas correspondências de peso molecular, então um relatório de Revisão de Proteína será exibido. Isso indica que a pesquisa falhou. Possivelmente, os espectros não são nada além de ruído ou, possivelmente, os parâmetros de pesquisa estão incorretos de alguma forma. Resumo das famílias de proteínas As seções do relatório são descritas na ordem em que aparecem. Use este link para abrir um relatório de exemplo em uma nova janela ou guia do navegador. (O Resumo da família Protein faz uso extensivo de JavaScript e gráficos vetoriais escaláveis. Para uma funcionalidade completa, use um navegador web moderno com suporte SVG nativo. Mais detalhes nesta página.) A maioria das informações em um Resumo Familiar está estruturada em seções que podem Ser exibido ou oculto. Os links que alternam entre os dois estados são facilmente reconhecidos pelo triângulo adjacente. O triângulo aponta para a direita quando a seção é colapsada e aponta quando a seção é expandida. Na parte superior do relatório, existem algumas linhas para identificar a pesquisa de forma exclusiva: título da pesquisa, data, nome do usuário, etc. A versão do banco de dados é identificada com um número de lançamento ou uma datatamp ISO. Uma pesquisa pode ser facilmente repetida, de modo a investigar o efeito das mudanças nos parâmetros de pesquisa. As opções para repetir uma pesquisa são definidas por botões de opção para Todas as consultas. Não significativo (abaixo do limite de identidade) e Não atribuído. Uma lista suspensa contém formatos de exportação disponíveis. Selecione o formato desejado e escolha Exportar. Existe também um link para retornar ao relatório de resumo selecionado, no caso de você estar usando algum aplicativo de software de terceiros que apenas aceita os formatos de relatório anteriores. Parâmetros de pesquisa Os parâmetros de pesquisa podem ser exibidos ou ocultos clicando no subtítulo. Descrições de parâmetros de pesquisa individuais podem ser encontradas aqui. Distribuição de pontuação Os histogramas que ilustram as distribuições de pontuação de péptidos e proteínas podem ser exibidos ou ocultos clicando no subtítulo. O histograma da mão esquerda mostra a distribuição de pontuação peptídica, dividida em 16 compartimentos. As alturas das barras mostram o número de fósforos em cada lixeira. Da mesma forma, o histograma da mão direita mostra as 50 pontuações de proteína mais altas. Para uma pesquisa de dados do MSMS, as pontuações de proteínas são derivadas dos escores de íons como base não probabilística para classificar as batidas de proteínas. O histograma da contagem de proteína tem pouco significado para os resultados do MSMS, mas é retido por motivos históricos. Estatísticas de modificação Esta tabela lista o número total de instâncias de cada modificação encontrada em correspondências significativas. Para uma pesquisa tolerante de erro, uma segunda coluna fornece as contagens para as correspondências tolerantes de erro. Isso pode ser útil para julgar se as modificações insuspeitas são tão abundantes que devem ser selecionadas como modificações variáveis ​​para a pesquisa de primeira passagem. Uma legenda, explicando como o estilo de fonte e a cor são usadas para transmitir informações sobre combinações de péptidos individuais podem ser exibidas ou escondidas clicando no subtítulo. O vermelho indica a correspondência de péptidos de topo para a consulta. Negrito significa significante (limite superior ao limite de homologia). Observe que esse significado de negrito é diferente do usado no resumo de péptidos e no resumo de seleção. A fonte em itálico é usada para uma correspondência duplicada (mais de uma consulta corresponde à mesma sequência peptídica com as mesmas modificações e estado de carga). Controles de formato Esses controles permitem que o formato do relatório seja modificado. Depois de fazer alterações, pressione o botão QuotFormat Asquot para recarregar o relatório usando as novas configurações. Limite de significância O limite de significância padrão é p lt 0.05. Você pode mudar isso para qualquer valor no intervalo de 0,99 a 1E-18. Número máximo de famílias Este valor foi inicialmente escolhido quando a pesquisa foi enviada. Digite um número inteiro positivo se desejar re-especificar o número de famílias de proteínas para denunciar. Claro, o número total de famílias realmente encontradas pela pesquisa pode ser menor. Digitar a palavra AUTO ou o valor de 0 exibirá todas as famílias que tenham pelo menos uma combinação de péptidos com uma pontuação significativa. Exibir correspondências não significativas Quando desmarcadas, apenas as correspondências significativas são exibidas. Isso torna o relatório mais curto e legível. Marque esta caixa para exibir todas as partidas, mesmo aquelas com baixa pontuação que podem ser falsas. (Observe que esse controle pode ser substituído por uma caixa de edição que permite que você defina um valor esperto explícito ou um corte de pontuação. Para obter mais informações, procure o manual de instalação 038 para DisplayNonSignificantMatches.) Dendrograms cut at Causa todos os dendrogramas a serem cortados Na pontuação especificada. Os controles a seguir são exibidos apenas para determinados tipos de pesquisa: índice UniGene (Somente exibido para pesquisa de um banco de dados de ácido nucleico quando os arquivos de índice UniGene foram configurados) Escolha o índice UniGene a ser usado para agrupar as proteínas em famílias baseadas em genes. Correspondências tolerantes a erros (Apenas exibidas para uma busca automática de tolerância automática) Uma lista suspensa pode ser usada para alternar entre exibir as correspondências tolerantes padrão e de erro (o padrão), exibir apenas as correspondências padrão e exibir apenas as correspondências tolerantes de erro. Mostrar os resultados do Percolator (Somente exibido para pesquisas que satisfaçam os requisitos para o uso do Percolator) Verifique para exibir os escores e espere valores ajustados pelo Percolator. Taxonomia preferida Se a pesquisa utilizasse um método de quantificação que especificasse o protocolo Multiplex ou Reporter, haveria um bloco adicional de controles relacionados à quantificação, conforme descrito aqui. As caixas de seleção podem ser usadas para alternar a exibição das proporções de proteínas e péptidos. Se a pesquisa incluísse a opção auto-chamariz, informações de taxa de descoberta falsa são exibidas na seção final do cabeçalho. O corpo do relatório consiste em três guias, uma para famílias de proteínas, uma para o Criador de Relatórios. E um para partidas não atribuídas. Protein Families Proteins são agrupadas em famílias usando um algoritmo de agrupamento hierárquico romance. Se a família contém um único membro, a cadeia de adesão, a pontuação e a descrição da proteína estão listadas. Se a família contém vários membros, as acessos, pontuações e descrições estão alinhados com um dendrograma, o que ilustra o grau de semelhança entre os membros. Para ver informações completas sobre as proteínas da família e as combinações de péptidos atribuídas a cada membro da família, clique no link do número da família. No relatório de resultado do exemplo. A família 3 tem 3 membros. Para tornar o relatório mais conciso, defina a pontuação Ions ou espere o corte para 0.05 e escolha Filter. Isso eliminará todas as combinações de baixa pontuação. Agora, expanda a família 3 clicando no link do número da família. O dendrograma ilustra o grau de similaridade entre membros de uma família de proteínas. A escala é ions score e HSP7CMOUSE e HS71LMOUSE se juntam a uma pontuação de aproximadamente 30. Isso representa a pontuação das correspondências significativas que teriam que ser descartadas para tornar uma proteína um subconjunto do outro. Essas duas proteínas são muito mais parecidas com a outra que a GRP78MOUSE, que tem combinações de péptidos não compartilhados com uma pontuação total de aproximadamente 145. Observe que, quando há múltiplas combinações com a mesma sequência peptídica (ignorando o estado da carga e o estado da modificação ), É a pontuação mais alta para cada seqüência que é usada. Imediatamente sob o dendrograma é uma lista das proteínas. Neste exemplo, porque SwissProt tem baixa redundância, cada membro da família é uma única proteína. Em outros casos, um membro da família representará múltiplas proteínas do mesmo conjunto. Uma das proteínas é escolhida como a proteína âncora, para ser listada primeiro, e as outras proteínas do mesmo conjunto são colapsadas sob um mesmo título. Não há nada de especial sobre a proteína escolhida para a posição de âncora. Você pode ter uma preferência por uma de acordo com a taxonomia ou descrição, mas todas as proteínas em um grupo do mesmo conjunto são indistinguíveis com base na evidência da combinação de péptidos. Ao clicar no link de cadeia de acesso, será carregado um relatório de Vista de Proteína. Para cada uma das proteínas, além da pontuação e massa da proteína, existem contagens do número de fósforos e do número de seqüências distintas. Em cada coluna, o primeiro número é a contagem total enquanto o número entre parênteses é a contagem para correspondências acima do limite de significância. Se você filtrou o relatório para incluir apenas correspondências acima do limite, como sugerido, os dois números sempre serão os mesmos. Para ver os péptidos que distinguem HSP7CMOUSE e HS71LMOUSE, desmarque a caixa de seleção para GRP78MOUSE e escolha Redisplay. A tabela de combinações de péptidos será reduzida a linhas e colunas para apenas essas duas proteínas, facilitando a comparação das correspondências. Um marcador indica que um peptídeo específico é encontrado em uma proteína particular. Pode ver-se que HS71LMOUSE seria um subconjunto de HSP7CMOUSE se não fosse uma partida, K. ATAGDTHLGGEDFDNR. L, que está presente no HS71LMOUSE e não no HSP7CMOUSE. É a pontuação significativa para esta partida que separa as duas proteínas no dendrograma por uma distância de 32 (pontuação de 55 8211 limiar de homologia de 23). Se você olhar um pouco mais de perto, você notará que K. STAGDTHLGGEDFDNR. M tem uma correspondência fraca no HSP7CMOUSE. Assim, a evidência de que ambas as proteínas estão presentes se resume a um único resíduo. Se S221 em HSP7CMOUSE era um A ou A223 em HS71LMOUSE era um S, então HS71LMOUSE seria uma proteína sub-set. Curiosamente, a combinação mais forte é a sequência encontrada na proteína com menos fósforos. Isso poderia ser uma chance ou poderia ser que a sequência de analitos fosse essencialmente HSP7CMOUSE, mas com um A nesta posição. Você pode quotcutquot o dendrograma usando os controles embaixo. O controle deslizante pode não funcionar em todos os navegadores. Se for esse o caso, você pode digitar um valor numérico no campo de limiar. Ao usar o controle deslizante ou inserindo um número, defina o limite para 50 e escolha Cortar. HS71LMOUSE será descartado do dendrograma e da tabela de correspondência de péptidos porque agora é uma proteína sub-definida. Se você comparar as correspondências com HSP7CMOUSE com as de GRP78MOUSE, fica claro que estas são proteínas muito diferentes. Eles fazem parte da mesma família por causa de duas partidas compartilhadas, LIGDAAK e IINEPTAAAIAYGLD, mas muitos fatos altamente significativos teriam que ser descartados para que qualquer das proteínas se torne um subconjunto do outro. Desta forma, podemos deduzir rapidamente do Resumo da Família de Proteínas que existem evidências abundantes de que GRP78MOUSE e HSP7CMOUSE estavam presentes na amostra. Há poucas evidências para o HS71LMOUSE. É mais provável que o HSP7CMOUSE contenha um SNP ou dois relativo à sequência do banco de dados. A tabela de combinação de péptidos contém as seguintes colunas: Número de consulta, hiperlink para Peptide View. Dupes é uma contagem do número de fósforos adicionais para a mesma sequência peptídica com as mesmas modificações e carga. Clique no link do triângulo para expandir essas correspondências duplicadas, que terão a mesma ou menor pontuação do que o primeiro valor de Experimental mz Experimental Mz transformado em massa molecular relativa Massa molecular relativa calculada a partir da sequência peptídica correspondente Diferença (erro) entre a Massas experimentais e calculadas Número de locais de clivagem perdidos Pontuação de íons 8211 Se houver correspondências duplicadas com o mesmo péptido, as correspondências de pontuação mais baixas são mostradas entre parênteses. Valor de expectativa para a partida de péptidos. (O número de vezes que esperamos obter uma pontuação igual ou maior, puramente por acaso. Quanto menor esse valor, mais significativo é o resultado). Classificação da combinação de péptidos, (1 a 10, onde 1 é a melhor combinação). Se houver um triângulo à esquerda do ranking, a linha pode ser expandida para mostrar as correspondências alternativas para essa consulta. Uma letra U se a sequência peptídica é exclusiva de um membro da família protéica. Uma coluna é exibida para cada membro da família selecionado por sua caixa de seleção imediatamente acima da tabela. Um marcador é mostrado se a combinação do péptido estiver presente na proteína. Onde uma coluna representa mais do que uma proteína, e o péptido é encontrado em algumas dessas proteínas, mas não todas, o marcador é cinza. Caso contrário, é preto. Sequência do péptido no código de 1 letra. Os resíduos que acompanham a sequência peptídica na proteína também são mostrados, delimitados por períodos. Se o péptido for a extremidade da proteína, então, um traço é mostrado em vez disso. Qualquer alteração variável usada para obter a partida Se a seqüência de péptido for modificada, cada resíduo afetado é sublinhado. Os detalhes da modificação serão exibidos se o cursor do mouse estiver descansado sobre o resíduo. Se várias combinações com uma consulta tiverem pontuações idênticas, isto é, as sequências são diferentes, mas são idênticas em termos de espectrometria de massa, elas são colapsadas em uma única sequência de péptido de consenso para exibição. Os resíduos que diferem entre as correspondências são exibidos em minúsculas. Por exemplo, se a desamidação fosse uma modificação variável e uma proteína continha a sequência FASFIDK e outra proteína na mesma família contida FASFI N K (desamidação em N), então a tabela exibiria FASFIdK. Clique no ranking para expandir as correspondências alternativas para a consulta e as seqüências de péptidos reais serão exibidas. Os controles na parte superior e inferior da guia podem ser usados ​​para mover-se entre as páginas e alterar o número de famílias de proteínas por página. Há também botões para expandir e recolher todas as informações na página. No topo da guia, existem controles de pesquisa de texto. Você pode pesquisar o relatório para proteínas e péptidos contendo valores numéricos ou de texto. Procure proteínas por: Pesquisa de péptidos por: Número da consulta Observado mz Sr. (expt) Sr. (calc) Seqüência Modificação corrigida Modificação de variável Se o alvo for encontrado, a primeira ocorrência será destacada e, se necessário, a página irá rolar e expandir . Se o alvo for encontrado em vários locais em uma única família, todas as correspondências serão destacadas. Escolha Próximo ou Anterior para avançar ou retroceder para outras instâncias do alvo em outras famílias. Se o destino não for encontrado, um botão fornece a opção para tentar a pesquisa na aba Não atribuída. Construtor de Relatórios A guia Construtor de Relatórios permite que você crie uma tabela personalizada de visitas de proteínas, o que é particularmente útil se você precisar de uma lista mínima de proteínas para uma publicação. Você pode escolher quais colunas incluir e sua ordem, filtrar proteínas que não interessam, como maravilhas de um hit, e exportar a tabela no formato CSV diretamente para o Excel. A tabela tem uma linha para cada uma das batidas de proteína de nível superior, às vezes chamadas de proteínas de âncora. Uma vez que uma família pode conter vários membros da família, agrupados porque têm péptidos compartilhados, haverá tantas linhas na tabela, como há membros da família no relatório. Se os resultados da pesquisa contiverem proteínas do mesmo conjunto, e uma taxonomia preferida foi selecionada, isso também se aplicará à seleção de proteínas âncoras para a tabela. Você pode classificar a tabela clicando em um cabeçalho de coluna. A ordem de classificação atualmente ativa é mostrada por uma seta na coluna relevante, significa subir, diminuir significa descida. A tabela pode ser exportada como CSV com um clique, com ordem de classificação preservada. As colunas são principalmente auto-explicativas e a ajuda de dica de ferramenta é exibida quando o ponteiro do mouse repousa sobre um cabeçalho de coluna. Clicando em um hiperlink de número de família irá saltar para a família exibida na guia de proteínas. Ao clicar em um hiperlink de adesão, será carregado o relatório Protein View. Se a pesquisa incluía quantificação usando protocolos Reporter ou Multiplex, informações de quantificação de nível de proteína também estão disponíveis. Para selecionar e reordenar colunas, expanda a seção Colunas. Use a lista suspensa Arranjo para carregar um arranjo salvo ou escolha ltcustomgt para configurar o relatório movendo colunas entre as duas listas. As colunas são categorizadas em grupos. O conjunto básico de colunas que estão sempre disponíveis está em 8220Protein hits8221. Os resultados da quantificação criam um conjunto de colunas para cada relação relatada. Na lista habilitada, você pode selecionar colunas individuais, CTRLclique várias colunas ou SHIFTclique um intervalo de colunas e use as setas para cima e para baixo para mudar sua posição relativa. As mudanças entrarão em vigor quando você escolher Aplicar. Se a segurança Mascot estiver ativada e houver um arranjo que você queira usar novamente, você pode salvar o arranjo na sua sessão de segurança. Depois de escolher Aplicar, dê um nome ao arranjo e escolha Salvar. Os arranjos salvos podem ser carregados usando a lista suspensa mencionada anteriormente. Se desejar que o arranjo esteja disponível para todos os usuários, escolha 8216Show coluna string8217, copie o texto e use-o para criar uma entrada ReportBuilderColumnArrangementN adicional em mascot. dat. A seção Filtros permite que as linhas de proteínas sejam descartadas de acordo com vários critérios. Configure o primeiro termo e aplique-o escolhendo Filtro. A tabela será recarregada e controles adicionais exibidos para permitir que outro termo seja adicionado, se necessário. Muitas vezes, um único termo que exige que cada proteína tenha correspondências significativas com pelo menos duas seqüências distintas será tudo o que é necessário. Por outro lado, para um relatório de quantificação, pode ser muito útil criar uma tabela como essa, limitada a proteínas que são significativamente reguladas no 117 canais e significativamente reguladas negativamente no canal 116. Partidas de péptidos não atribuídas A lista não atribuída contém combinações de péptidos que não são atribuídas a famílias de proteínas. Em alguns casos, pode haver nenhuma combinação, e apenas o valor mz observado e o Sr. experimental serão listados no número da consulta. Em outros casos, os detalhes da combinação de péptidos de pontuação superior serão listados. A lista é dividida em páginas. Os controles na parte superior e inferior da guia podem ser usados ​​para mover-se entre as páginas e alterar o número de correspondências por página. O controle Ordenar não atribuído permite que a ordem de classificação seja alterada. A pontuação decrescente torna fácil ver se há boas combinações. Se assim for, você deseja aumentar o número de famílias de proteínas ou configurá-lo para AUTO, de modo a puxar essas combinações para o corpo principal do relatório. O número de consulta ascendente é o mesmo que o precursor ascendente O Sr. A intensidade descendente permite que você encontre espectros com picos intensos que não conseguiram obter uma correspondência. Estes poderiam ser candidatos para a sequenciação de novo. A tabela não atribuída contém as seguintes colunas: Número de consulta, hiperlink para Peptide View. Valor mz experimental Mz experimental transformado em massa molecular relativa Massa molecular relativa calculada a partir da sequência peptídica correspondente Diferença (erro) entre as massas experimentais e calculadas Número de pontos de clivagem perdidos Pontuação de íons Valor de expectativa para a partida de péptido. (O número de vezes que esperamos obter uma pontuação igual ou maior, puramente por acaso. Quanto menor esse valor, mais significativo é o resultado). Classificação da combinação de péptidos, (1 a 10, onde 1 é a melhor combinação). Este será sempre 1 para correspondências na lista não atribuída. Se houver um triângulo à esquerda do ranking, a linha pode ser expandida para mostrar as correspondências alternativas para esta consulta Sequência do péptido no código de 1 letra com resíduos modificados sublinhados. Qualquer modificação variável usada para obter a partida. Quando você carrega a vista peptídica para uma consulta não atribuída, é necessária a primeira proteína que contém o péptido combinado. Esta pode ou não ser a proteína que seria selecionada como a proteína âncora se a formatação fosse alterada de forma a que a partida fosse puxada para uma família na aba Proteínas. No topo da guia, existem controles de pesquisa de texto. Você pode pesquisar a lista não atribuída por número de consulta, massa, valor mz e seqüência peptídica. Selecione a categoria, insira texto no campo de edição e escolha Filtrar. Se o texto for encontrado, a lista completa não atribuída será filtrada para exibir consultas correspondentes. Escolha Limpar para retornar à exibição padrão. Se o texto não for encontrado, um botão fornece a opção para tentar a pesquisa na guia Proteínas. Resumo do péptido As seções do relatório são descritas na ordem em que aparecem. Use este link para abrir um relatório de exemplo em uma nova janela ou guia do navegador. Na parte superior do relatório, existem algumas linhas para identificar a pesquisa de forma exclusiva: título da pesquisa, data, nome do usuário, etc. A versão do banco de dados é identificada com um número de lançamento ou uma datatamp ISO. As acessos e as descrições para as principais batidas de proteína de pontuação estão listadas. Se a pesquisa incluísse a opção auto-chamariz, informações de taxa de descoberta falsa são exibidas neste local. Distribuição de pontuação Após o cabeçalho, um histograma ilustra a distribuição da pontuação protéica. As 50 pontuações de proteína mais altas são divididas em 16 compartimentos de acordo com a pontuação, e as alturas das barras mostram o número de fósforos em cada lixo. Para uma pesquisa de dados do MSMS, as pontuações de proteínas são derivadas dos escores de íons como base não probabilística para classificar as batidas de proteínas. O histograma da contagem de proteína tem pouco significado para os resultados do MSMS, mas é retido por motivos históricos. A área sombreada verde se estende até o limiar de identidade médio para uma partida de péptido individual. Controles de formato Esses controles permitem que o formato do relatório seja modificado. Depois de fazer alterações, pressione o botão QuotFormat Asquot para recarregar o relatório usando as novas configurações. Formato de relatório Escolha da lista de formatos disponíveis Limite de significância O limite de significância padrão é p lt 0.05. Você pode mudar isso para qualquer valor no intervalo de 0,99 a 1E-18. Número máximo de acessos Esse valor foi inicialmente escolhido quando a pesquisa foi enviada. Digite um número inteiro positivo se desejar re-especificar o número de acessos de proteína para denunciar. Claro, o número total de hits realmente encontrados pela pesquisa pode ser menor. Digitar a palavra AUTO ou um valor de 0 exibirá todos os hits que tenham uma pontuação protéica que exceda a classificação média de limiar de identidade para uma partida de péptido individual. Padrão ou MudPIT marcando a pontuação de MudPIT é um escore de proteína mais agressivo que remove batidas de proteínas que possuem altos índices de proteínas puramente porque têm um grande número de combinações de péptidos de baixa pontuação. É o índice de proteína padrão para uma pesquisa na qual a proporção do número de consultas para o número de entradas no banco de dados (após qualquer filtro de taxonomia) excede 0.001. Limite de pontuação de íons Valores maiores que 0 e menos de 1 atuam como um limite de valor esperado, e as pontuações para qualquer péptido com valores maiores esperados são suprimidas. Os valores de 1 ou mais atuam como um limite de pontuação e todos os pares de péptidos com pontuações mais baixas são suprimidos. Ao definir isso para (digamos) 20, você cortou todas as partidas de péptido aleatório, muito baixas. Isso significa que as proteínas homólogas são mais propensas a entrar em colapso em um único golpe. Mostrar subconjuntos Por padrão, cada sucesso em um Resumo de Peptídeo mostra o conjunto de proteínas que combinam um determinado conjunto de péptidos. As proteínas que combinam um subconjunto desses péptidos não são mostradas. Você pode escolher mostrar essas batidas de proteínas adicionais, mas esteja ciente de que isso pode tornar o relatório muito mais longo. Para mostrar todas as proteínas subconfiguradas, defina Mostrar subconjuntos como 1. Para mostrar nenhuma proteína subconfigurada, defina-a como 0. Os valores intermediários definem um limite na diferença na contagem de proteínas entre o hit primário e o hit sub-conjunto Expressa como uma fração. Por exemplo, se o índice de proteína do hit primário fosse de 400, e os subconjuntos de Exibição foram de 0,75, serão exibidos acessos de subconjuntos com pontuação de 100 ou mais. Mostrar ou Suprimir janelas pop-up As janelas pop-up JavaScript, que mostram os 10 melhores pares de péptidos para cada consulta, são muito úteis, mas tornam o relatório HTML maior e mais lento para carregar em um navegador da Web. Se você tiver um relatório que nunca parece carregar, ou é muito lento para rolar, tente suprimir as janelas pop-up. Ordenar não atribuído Estas são opções de classificação para a lista de combinações de péptidos que não são atribuídas a batidas de proteínas. A pontuação decrescente torna fácil ver se há boas combinações. Se assim for, você vai querer aumentar o número de acessos de proteína ou configurá-lo para AUTO, de modo a puxar essas correspondências para o corpo principal do relatório. O número de consulta ascendente é o mesmo que o precursor ascendente. O Sr. A intensidade descendente permite que você encontre espectros fortes que não tenham conseguido uma correspondência. Estes poderiam ser candidatos para a sequenciação de novo. Exigir corajoso vermelho Exigir um golpe de proteína para incluir pelo menos uma combinação de péptido vermelho arrojado é uma boa maneira de remover proteínas homólogas duplicadas de um relatório. Consulte a discussão na Interpretação de resultados para obter mais informações. Os seguintes controles são exibidos somente para determinados tipos de busca: índice UniGene (Somente exibido para pesquisa de um banco de dados de ácido nucleico quando os arquivos de índice UniGene foram configurados) Escolha o índice UniGene a ser usado para agrupar as batidas de proteínas em famílias baseadas em genes. Ocultar correspondências tolerantes de erro (Apenas exibido para uma pesquisa tolerante de erro automático) Verifique para ocultar as correspondências adicionais tolerantes a erros. Mostrar os resultados do Percolator (Somente exibido para pesquisas que satisfaçam os requisitos para o uso do Percolator) Verifique para exibir os escores e espere valores ajustados pelo Percolator. Se a pesquisa utilizasse um método de quantificação que especificasse o protocolo Multiplex ou Reporter, haveria um bloco adicional de controles relacionados à quantificação, conforme descrito aqui. Repetindo uma pesquisa Uma pesquisa pode ser facilmente repetida, de modo a investigar o efeito das mudanças nos parâmetros de pesquisa. As consultas podem ser selecionadas no relatório de resultados, depois carregadas em um formulário de pesquisa, onde os parâmetros de pesquisa podem ser modificados. As caixas de seleção para selecionar consultas para uma pesquisa de repetição estão incluídas no corpo do relatório, onde quer que a correspondência de classificação superior tenha uma consulta particular primeiro aparece. Você pode alternar caixas de seleção individuais ou usar os botões Selecionar Tudo e Selecionar Nenhum para alterar os estados de todas as caixas de seleção. A pesquisa selecionada invoca o formulário de pesquisa. Há uma segunda série de caixas de seleção, uma para cada sucesso de proteína, que tem uma finalidade dupla. Se você deseja realizar uma busca tolerante de erro manual. Primeiro verifique a caixa de seleção Tolerância de erro e selecione as proteínas a serem pesquisadas na pesquisa de segunda passagem. Pressione Buscar selecionado para invocar o formulário de pesquisa. Se a caixa de verificação Tolerância de erro não estiver marcada, as caixas de seleção selecionam batidas de proteína para um Relatório de Arquivo de Lista de Hit to Proteína. O corpo do relatório de Resumo de Peptídeo contém uma listagem das proteínas, ordenadas por pontuação de proteína descendente. Para cada proteína, a primeira linha contém a seqüência de adesão, (ligada à Vista Proteína correspondente), a massa molecular da proteína e o escore protéico. O número de consultas correspondentes à proteína completa a primeira linha. A segunda linha é a descrição da proteína tirada da entrada Fasta. Isto é seguido por uma tabela que resume as massas peptídicas correspondentes. As colunas da tabela contêm: As caixas de seleção para selecionar consultas para uma busca repetida aparecerão na primeira coluna de qualquer linha contendo a primeira aparência de uma partida de melhor classificação. Número de consulta, hiperlink para Peptide View. Valor mz experimental Mz experimental transformado em massa molecular relativa Massa molecular relativa calculada a partir da sequência do péptido combinado Diferença (erro) entre as massas experimentais e calculadas Número de locais de clivagem perdidos Pontuação dos íons 8211 Se houver correspondências duplicadas com o mesmo péptido, As correspondências de pontuação mais baixas são mostradas entre colchetes. Valor de expectativa para a partida de péptidos. (O número de vezes que esperamos obter uma pontuação igual ou maior, puramente por acaso. Quanto menor esse valor, mais significativo é o resultado). Classificação da partida de íons (1 a 10, onde 1 é a melhor combinação). Uma letra U se a sequência peptídica é exclusiva da proteína atingida Sequência do péptido no código de 1 letra. Os resíduos que acompanham a sequência peptídica na proteína também são mostrados, delimitados por períodos. Se o péptido for a extremidade da proteína, então, um traço é mostrado em vez disso. Qualquer modificação variável encontrada no péptido. Se a pesquisa utilizasse um método de quantificação que especificasse o protocolo Multiplex ou Reporter, haveria linhas e colunas adicionais de informações de quantificação, conforme descrito aqui. Uma lista abreviada segue para quaisquer proteínas que contenham o mesmo conjunto de combinações de péptidos. Também é possível exibir proteínas contendo um subconjunto de combinações de péptidos, mas esta é desativada por padrão. Ele pode ser ativado globalmente no arquivo de configuração, mascot. dat ou habilitado para um único relatório usando a caixa de seleção nos controles de formato. Pop-up amarelo Ao clicar no link do número da consulta, abre-se o Peptide View para a partida em uma nova janela ou guia do navegador. Descansar o cursor do mouse sobre o link do número da consulta faz com que uma janela pop-up apareça, exibindo a lista completa de combinações de péptidos para essa consulta. A janela pop-up exibe o título da consulta (se houver) seguido de um ou dois limiares de significância, que são descritos em detalhes aqui. Abaixo disso, uma tabela contendo informações sobre os pares de peptídeos de pontuação mais altos para a consulta: Pontuação de íons Espera valor Diferença (erro) entre as massas experimentais e calculadas Hit número da (primeira) proteína contendo a partida de péptido. A plus sign indicates that multiple proteins contain a match to this peptide Accession string of the (first) protein containing the peptide match. Sequence of the peptide in 1-letter code. If a variable modification has been used to obtain a match, the modified residue is underlined. If the residues that bracket the peptide sequence are the same in all the proteins that contain it, then these residues are also shown, delimited by periods. If the peptide forms the protein terminus, then a dash is shown instead. Unassigned Peptide Matches The unassigned list contains peptide matches that are not assigned to proteins in the body of the report. In some cases, there may be no match at all, and only the observed mz value and the experimental Mr will be listed. In other cases, the top scoring peptide match will be listed. So, unassigned doesn8217t necessarily mean unmatched or not significant. Its the overflow, if you like. If you reformat the report, asking for more and more protein hits, all of the unassigned matches with non-zero scores would eventually get pulled into the body of the report. When you load the peptide view for an unassigned query, it takes the first protein containing the matched peptide. This may or may not be the protein that would be selected as the primary hit if the peptide match was pulled into the body of the report. Search Parameters At the foot of the report, the search parameters are summarised. Descriptions of individual search parameters can be found here . Select Summary Use this link to open an example report in a new browser window or tab. The Select Summary was inspired by David Tabb8217s DTASelect. It is very similar to the Peptide Summary. but more compact because multiple matches to the same peptide sequence are collapsed into a single line. Also, the list of peptide matches that are not assigned to any protein hit is split off into a separate report. The differences between the Select Summary and the Peptide Summary are as follows: The Search Parameters are moved up into the header There is no Score Distribution histogram There are no checkboxes against protein hits or peptide matches. The choices for repeating a search are set by radio buttons for All queries . Unassigned . Below homology threshold . and Below identity threshold . This means that you cannot use a Select Summary for a manual error tolerant search or to create an Archive Report In the Protein Hit List. if multiple queries match to the same peptide (the same sequence, modifications and charge state) full details are displayed for the highest scoring match only. Any matches with lower scores are listed as additional query number links after the peptide sequence. Variable modifications are not listed after the peptide sequence, but are indicated by underlined residues. Unassigned Peptide Matches are split off into a separate report. Use the format controls to display this report. Archive Report Use this link to open an example report in a new browser window or tab. An Archive Report is a Peptide Summary in which only selected protein hits appear. There is no unassigned list and no controls for changing the format or repeating the search. You might use this format to give a colleague a list of validated protein hits, or to remove hits that are contaminants or of no interest, etc. In References, import DAO 3.6 object reference. Você pode interagir objetos de dados como consultas e tabelas filtradas de diferentes maneiras: você também deve procurar a propriedade Filtro do objeto do conjunto de registros para filtrar apenas os registros desejados e, em seguida, interagir com eles da mesma maneira (consulte a Ajuda do VB6 na janela do código do MS-Access ), Ou criar um objeto QueryDef para executar uma consulta e usá-lo como um conjunto de registros também (um pouco mais complicado). Diga-me se você quer outra abordagem. Eu espero ter ajudado. Respondeu 3 de maio 11 às 12:33 Alguns comentários: não há nenhum benefício para fazer um. MoveLast antes de. MoveFirst, a menos que você precise de uma contagem exata do conjunto de registros. Caso contrário, você está apenas desperdiçando recursos que atravessam até o final do conjunto de registros e de volta ao começo de novo, sem qualquer propósito. Ndash David-W-Fenton 6 de maio 11 às 3:38 Eu não vejo que há muita utilidade de filtrar um conjunto de registros existente. A parte cara do processo é abrir o conjunto de registros. Se você precisa de um subconjunto de registros, então comece com esse filtro. Caso contrário, não faz muito sentido filtrar um conjunto de registros e depois fazer algo com os resultados. Ndash David-W-Fenton 6 de maio 11 às 3:39 Oi David-W-Fenton, obrigado pelo seu conselho. Eu só considero que, para pequenas tabelas, o arquivo de gravação popular vale a pena carregar dados na memória e melhorar a velocidade em métodos como a busca. Movendo o conjunto de registros para o fim e depois para começar, também é mostrado na Ajuda do Access. Ndash Alex 24 de maio 11 às 13:51 Eu acho que você conseguiu retroceder - quanto menor o conjunto de registros, menor valor há para carregá-lo em um conjunto de registros, porque Jet vai armazenar toda a mesa pequena na memória. O SEEK deve ser evitado, uma vez que ele realmente não serve para nada, exceto em um subconjunto muito pequeno de casos muito especiais. Ndash David-W-Fenton 28 de maio 11 às 20:38 Encontrou um bom código com comentários explicando cada declaração. O código encontrado em - accessallinone Os conjuntos de registros têm duas propriedades importantes ao fazer o loop de dados, EOF (End-of-File) e BOF (Beginning-of-File). Os conjuntos de registros são como tabelas e quando você passa por um, você está literalmente passando do registro para gravar em seqüência. À medida que você se move através dos registros, a propriedade EOF é definida como falsa, mas depois de tentar e passar do último registro, a propriedade EOF se torna verdadeira. Isso funciona o mesmo em sentido inverso para a propriedade BOF. Essas propriedades nos informam quando atingimos os limites de um conjunto de registros. answered Feb 27 16 at 14:22